四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

英国男孩保罗从向来忽视他的家庭出走，老天却安排了他与一个生活在相似家庭环境下的法国女孩米谢勒成为了朋友。他们在法国罗讷河三角洲的一个美丽的地中海海滨小城卡梅格象一对恋人一样组成了一个家庭，过着田园诗般的生活，后来还生了孩子，并担负起成年人的责任……